mEgAmAn zErO 3: hIsToRiA.Al comienzo de el tercer juego, la siguiente sinopsis de los primeros juegos es mostrada:
El legendario Reploid Zero despertó de un largo sueño...Con la Resistencia de Ciel él derrotó a Copy-X, el gobernante de Neo Arcadia.
El terror del régimen de Neo Arcadia terminó,
pero, la escasez de energía permaneció un problema constante.
Ciel se dedicó ella misma a investigar nuevas formas de energía.
Y Elpizo se convirtió en el nuevamente nombrado líder de la Resistencia.
De cualquier modo, abrumado por su deseo de poder,
Elpizo despertó a la Dark Elf, cuya magia alguna vez casi destruyó al mundo.
Elpizo, sediento por el poder de la Dark Elf, perdió la vista de su verdadero deber,
y fue finalmente derrotado después de una feroz batalla.
De cualquier modo, la Dark Elf huyó, su destino desconocido...
La batalla por la Dark Elf apenas ha comenzado...
El tercer juego comienza dos meses después de los eventos del segundo. Una nave espacial recientemente estrellada emíte energía similar a la de la "Dark Elf" (Elfa Oscura), y Zero sale a investigar. No mucho en la misión, Ciel y un par de miembros de la resistencia son capturados por Neo Arcadia mientras Zero entra en la nave. Pero ellos no son dañados, tampoco son mantenidos prisioneros, mientras un incidente estalla implicando un Reploid gigante llamado "Omega" que nisiquiera "Leviathan" y "Fefnir" combinados pueden encargarse. Zero interrumpe la batalla y es dejado para encargarse de las cosas el mismo. Pronto de ahí en adelante un tal "Dr. Weil" es introducido, como también un nuevo Copy-X quien ha reclamado el mando de Neo Arcadia, mucho para desilución de Harpuia.Después de que un misil es lanzado a un área densamente poblada para posibilitar a Omega capturar la Dark Elf, Zero sale para pelear a Copy-X y lo derrota. Pero antes de que Copy-X se pueda transformar otra vez, él es traicionado y destruído por una trampa puesta en su cuerpo por Weil.
Con Copy-X fuera del camino, Weil asume comando de Neo Arcadia y usa a la Dark Elf y Omega para tomar control de todos los Reploids. Después de que Zero destruye los dos "Elfos Bebes" (Baby Elves), él se dirige para destruir la forma aumentada 'Dark Elf' de Omega, derrotando al Reploid dos veces. De los restos de Omega, de cualquier modo, resucita un Reploid que se parece justamente como Zero, y en ese momento, Weil le informa a Zero que él es simplemente una copia y que Omega vive en su cuerpo original.
Después de que Zero y Omega hacen batalla, "X" se aparece y le confirma a Zero que ellos pelearon y sellaron a Omega hace siglos. Antes de que Weil pueda forzar a la Dark Elf para que se reuna con 'Omega', los guardianes aparecen y le hacen más daño. Eventualmente Zero toma la decisión de terminar con él, considerando que él está dentro de su cuerpo real. En la explosión Zero es puesto fuera de combate y ve visiones de X. Él le dice a Zero que está agotado de poder y que no puede seguir existiendo en el mundo humano. Él está seguro de que Zero puede proteger al mundo de ahora en adelante y se desvanece (Presuntamente haberse retirado al "Ciberespacio" (Cyberspace). El destino de los guardianes, mientras que no es mostrado, es revelado por materiales oficiales, que han muerto en la explosión (Libro de arte "Megaman Zero Official Complete Works").
El cuerpo inconsciente de Zero es traído de vuelta a la Base de la Resistencia por la Dark Elf. Con la derrota de Weil, la maldición puesta sobre la Dark Elf [Ahora conocida como "Mother Elf" (Elfa Madre)] es rota y vuela a lo lejos.Pero perdiendo a Omega y a la Mother Elf todavía no cambia el hecho de que Weil es ahora el indisputable gobernante de Neo Arcadia. Los humanos viviendo ahí pronto se darán cuenta de la ira del Dr. Weil.
